中科大硕士论文知网查重的原理主要是通过比对文本相似度来判断论文的原创性。系统会将上传的论文与知网数据库中的文献进行比对，检测文本重复率，从而判断论文的抄袭程度。

此外，中科大硕士论文知网查重还会对文中的格式、引用格式等进行检测，确保论文的规范性和完整性。通过内置算法和数据库，系统能够高效准确地进行查重工作，为作者提供可靠的论文原创性评估。